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Emerg'in a pour mission de 

• Doter la France d'un instrument de coordination nationale pour accroître les connaissances d’amont et proposer des solutions de diagnostic et de contrôle des maladies infectieuses animales émergentes, vectorisées ou non, capables de mettre en péril des secteurs entiers d’élevage (danger économique, souveraineté alimentaire, sûreté et sécurité alimentaire) ou de porter globalement atteinte à la santé publique (maladies zoonotiques émergentes, malveillances).
• Constituer une Force de Réaction Rapide face aux émergences infectieuses (santé publique vétérinaire et santé des animaux, faune sauvage comprise), qui doit être comprise dans le sens anglo‐saxon de « preparedness » prôné par l’OIE ‐ Organisation mondiale de la Santé animale - et à l’échelle européenne.
• Proposer des ressources et des savoir-faire issus de Six plates-formes reconnues d’infectiologie d’INRAE (Nouzilly et Jouy-en-Josas), de l’ANSES (Ploufragan-Plouzané et Malzéville), du CIRAD (Montpellier/Guadeloupe) et du CNRS (Strasbourg), dotées de laboratoires et d'animaleries en confinement adaptés aux recherches en infectiologie.
• Développer des partenariats public‐privé dans le secteur du diagnostic et du médicament vétérinaire ainsi que dans le secteur des innovations en « Bio-contrôle » des agents infectieux et de leurs vecteurs (le cas échéant) et pour les produits animaux.